En enero de 1569 Juan III fue reconocido como rey por el parlamento. Su medio hermano Erik falleció en prisión en 1577. Como monarca, Juan se acercó al catolicismo concediendo ciertos privilegios a la iglesia. Educó a su hijo Segismundo bajo la doctrina católica con el afan de convertirlo en heredero de la corona polaca. En 1587 Segismundo fue nombrado rey de Polonia y Juan pudo establecer una alianza politica con ese reino.

Juan III tenia un gran aprecio por el arte y es el que más construcciones artisticas realizó en Suecia. Entre las magnificas obras de arte que mando reconstruir, están las catedrales de Uppsala, Vasteras, Skara y Linkoping. Tambien restauró la catedral de Abro en Finlandia y en Estonia la catedral
de Rival.

En Estocolmo se remodelaron completamente viejos templos, como la iglesia de Riddarholmen, la catedral de Estocolmo, la iglesia de Santa Clara y la iglesia Alemana. Tambien planeo la construccion de nuevos templos como la iglesia de la Trinidad y la iglesia de San Jacobo. En varios castillos construyó capillas de estilo gotico como por ejemplo en Vadstena y Kalemar. El castillo de Vadstena se convirtio en palacio  renancentista como subsiste hoy en dia.